在公司开车。车辆追尾全责，赔偿对方1.2万元。

公司扣除工资需视情况而定，不一定合理。根据《侵权责任法》等相关法律，事故责任或由公司承担，或由驾驶员与公司共担。若公司无合理依据扣工资，可能损害员工权益，引发劳动争议。
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司机是否付钱需具体分析。若事故属职务行为，通常公司赔偿；若司机有重大过失，公司或要求分担部分损失。建议：1.查看劳动合同，明确责任划分；2.与公司沟通，了解扣款原因；3.如有争议，咨询专业律师，准备相应证据，通过法律途径解决。
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常见处理方式为协商或诉讼。可先与公司协商，要求说明扣款依据；协商无果时，可考虑通过法律途径维护权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。